String text;
probier mal in.readLine = text;

Char[] text_array = text.toCharArray();

jetzt gehst du in einer schleife dein array durch, und es sollten auch leerzeichen dabei sein.

du könntest einen StringBuffer verwenden und dem immer die einzelnen Zeichen hinzufügen

Du könntest auch stringname.charAt() verwenden... naja... wo da der Unterschied zu nem Array ist... aber wirklich Array wär's keines

bist du dir sicher, dass keine leerzeichen berücksichtigt werden? schau mal unter regex nach, wie die definition eines leerzeichens ist. vielleicht fängst du es nicht richtig ein? als string geht ja " " aber ob ein char auch ' ' ist, bin ich mir nicht sicher.

Also wenn's wirklich nur ums zeichenweise Einlesen einer Datei und nicht um irgendwelche regular expressions geht, dann sollte z.B. dieser Code dir weiterhelfen:

import java.io.*;


public class DateiLeser {


	public static void main(String[] args) {
		if (args.length != 1) {
			System.err.println("Benützung: java DateiLeser EINGABEDATEI");
			System.exit(1);
		}

		try {
			FileReader f = new FileReader(args[0]);

			int c;
			while ((c = f.read()) != -1) System.out.print((char)c);
			f.close();
		} catch (IOException e) {
			System.out.println("Die Datei konnte nicht eingelesen werden.");
			System.exit(1);
		}
	}


}

Ich hab keine Ahnung was deine komischen In- und Out-Klassen so machen, tut mir leid. Außerdem hast du scheinbar die grundlegenden Begriffe Variablen und Methodenparameter nicht wirklich verstanden; nimm doch bitte Nachhilfe oder lies einfach mal ein Buch (warum nicht gleich das gratis online verfügbare Handbuch der Java-Programmierung?).

EDIT:
Wie gesagt kenne ich deine In- und Out-Klassen nicht, ich trau mich aber trotzdem wetten daß es nicht

while(In.done())

sondern

while(!In.done())

heißen sollte!