da gibts ein paar z.b. http://www.adebenham.com/gournal/ ich hab vor einiger zeit mal ein paar durchprobiert, und die waren alle sehr ähnlich und was mir bei allen abgegangen is, war die möglichket mit der tastatur text dazuzuschreiben.
Man konnte überall mit dem textmarker markieren, und mit der maus dazuzeichnen, das hat wunderbar funktioniert, aber mit der maus kommentare dazuzuschreiben, is a bisserl fad
fallst was findest, wär ich auch interessiert.

[EDIT]sorry. ich hab da was verwechselt. gournal kann typed text aber kein pdf reinlegen und xournal kann pdfs in den background legen aber keinen typed text... [/EDIT]

Foxit Reader ist ein guter PDF Editor.

http://www.foxitsoftware.com/pdf/desklinux/

Ich verwende aber die Windows Version:
http://www.foxitsoftware.com/pdf/reader_2/down_reader.htm

is halt leider closed source wenns auch gratis benützt werden darf...