Also "Install Ubuntu inside Windows 7" klingt eher nach einer Wubi-Installation...
(Sorry wegen der blöden Frage ist spontan aber meine erste Idee) Hast du von dem Stick/der DVD gebootet oder hast du unter Windows den Autostart vom Installationsmedium aufgerufen?

Btw: chkdsk lässt sich unter Win7 nur in einer Admin-Konsole ausführen!