Ich habe eine geändert Version von diesem Script bei mir am laufen:

MySQL-Datenbanken per Script komplett sichern | marketmix.com

Betreibt man MySQL auf einen Server der Cron-Jobs erlaubt, kann man MySQL-Datenbanken täglich auf einen Schlag sichern. Dabei spielt es keine Rolle ob

marketmix.com

Bezüglich Speicherort:

Erstell das BackUp wenn möglich ausserhalb des vom Web zugänglichen Bereichs.
Beispielsweise wäre es Ideal wenn die Website unter /var/www/html/ erreichbar ist, das BackUp jedoch unter /var/www/backups liegt.
Somit wäre keine Zugriff übers Web möglich.