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1. Wie kann ich JAR-Files erstellen?

Mit dem Befehl: jar cf <dateiname> <dateien>
Such einfach nach jar.exe, sollte im jdk-bin-Verzeichnis sein.

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2. Muss ich alle Class-Dateien die ich für das Programm brauche in einne JAR-Datei umwandeln oder nur die die ich ausführen möchte?

Alle die dein Programm braucht, außer die, die mit dem JRE mitgeliefert sind (also java.*, javax.*, usw). Ich nehme an, je nachdem wie du die JAR-Dateien ausführst, dass sie auch unter mehrere JARs verteilt werden können.

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3. Kann ich die JAR-Dateien einfach per Doppelklick wie EXE-Dateien öffnen?

JAR ist eigentlich ein Archiv-Format, da stehen mehrere Verzeichnisse, .class-Dateien usw drin (so wie .zip). Du kannst Windows so einstellen (Extras->Ordneroptionen->Dateitypen..), dass .jar-Dateien automatisch mit javaw -jar <jardatei> geöffnet werden (wenn das nicht schon der Fall ist)

siehe auch hier: http://java.sun.com/docs/books/tutorial/jar/

du kannst schon eine JAR so einrichten das sie wie eine exe zum starten ist. dazu mußt du eine datei erstellen wo die infos drinnen stehen.
am einfachsten ist es aber das mit einen tool wie zum beispiel eclipse zu erstellen benutzt. da kannst du einfach sagen welche klasse du starten willst und dann richtet dir der das automatisch ein.
lg leviathan

ich würde sagen du hast in der in der manifest datei die mainklasse nicht angegeben (als wo die static main drinnen ist und die bei starten soll).

ach ja:
wenn man unter windows java 1.5 installiert wird die verknüpfung mit den jar files automatisch angelegt. d.h. da funktioniert das starten einfach mit einem doppelklick ohne vorher was einstellen zu müssen.