Das mit dem „Beenden-Fenster“ ist am einfachsten mit einen modalen JDialog zu lösen, in den du deine ComboBox hinein gibst.
Den Dialog erzeugst du dann so:

JDialog dialog=new JDialog(ownerFrame,“put your title here“,true);
//add combobox to dialog
dialog.setVisible(true);

Der ownerFrame ist dein Hauptfenster, das blockieren soll und das true sorgt eben dafür, dass der Dialog modal ist, und somit zuerst der Dialog geschlossen werden muss (bzw. in deinem Fall eine Auswahl vorgenommen werden muss) bevor im ownerFrame weitergemacht werden kann.
In deinem Listener für die ComboBox musst du dann nur noch den Dialog wieder schließen, und es geht weiter.

Alternative wäre ein JOptionDialog , mit der Methode showInputDialog() kann man sich einen kleinen Dialog mit Combobox erzeugen. Nachteil ist aber, dass man keine Listener hinzufügen kann, der Dialog abgebrochen werden kann, und dann null zurück gibt. Also müsste man bei Rückgabe von null erneut nachfragen. Sprich in der Programmierung einfacher als ein eigener Dialog aber weniger Benutzerfreundlich.

na ja, du kannst alle anderen formularelemente mit setEnabled(false) deaktivieren, und mit einem listener in der combo box dann wieder aktivieren, wenn eine auswahl getroffen worden ist.