Wie groß ist der Film bei dir? Wenn er klein ist kannst es mir gerne per Mail schicken und ich probier es aus, hatte das Problem noch nie...
Welche Versionen hast du von Premiere und AE? Mit welchen Einstellungen rechnest du es aus Flash raus? Habe ein Buch und da stand drinnen das es wichtig ist die richtigen Einstellungen beim rausrechnen von Flash zu verwenden, weil dann AE rum zickt...
Kansnt du mal mit GSpot schauen ob vielleicht noch ein Codec im .mov drinnen ist? Hatte mal ein ähnliches Problem (aber mit einem anderen Format) und dann lag es daran, dass noch ein andere Codec gebraucht wurde, der auch geladen wurde beim normalen abspielen mit Standardprogrammen, nur das Premiere den Code net kannte, net laden wollte/ konnte und dann den Fehler machte.